История усадьбы Белогорка начинается с 1796 года, когда Павел I пожаловал эти земли генералу Л. Малютину, который вскоре продал их часть предподителю дворянства Царскосельского уезда Ф. Ф. Белю. В то время усадьба носила название «Горка», а после смерти владельца стала называться «Белягорка», а в начале XX века получила своё современное название.

Одним из последних владельцев усадьбы был помещик Н. В. Новицкий, женатый на богатой представительнице знаменитого купеческого рода Елизавете Александровне Елисеевой. После смерти Новицкого она вышла замуж за лечащего врача своего бывшего супруга Ивана Яковлевича Фомина и поселилась с ним в Белогорской усадьбе, которая была заново отстроена и благоустроена. В 1904-1906 годах на берегу Оредежа по проекту архитектора С. И Овсянникова была построена Никольская церковь, а в 1912 году на месте старой усадьбы вырос новый терем-дворец в стиле модерн, автором проекта которого является инженер В. П. Тавлинов.

После Октябрьской революции усадьба была национализована, в 1925 году в ней разместилась опытная сельскохозяйственная станция, которая в 1956 году была преобразована в Северо-западный научно-исследовательский институт сельского хозяйства.

Поэт Иосиф Бродский последнее лето перед отъездом за границу провёл в Белогорке, где он работал на опытных полях института.